全自動(dòng)顯微鏡是一款無(wú)窮遠熒光顯微鏡，它是光學(xué)顯微鏡的一種，是在某些光學(xué)顯微鏡的基礎上添加一個(gè)熒光組件，可以將一些經(jīng)過(guò)特殊處理的細胞進(jìn)行熒光激發(fā)而后得到比較有特色的熒光照片。原理是用特定波長(cháng)的激發(fā)光照射樣品，使之發(fā)出熒光，從而讓觀(guān)察者對樣品的內部結構進(jìn)行觀(guān)察。光學(xué)顯微鏡則是利用透鏡組合將物體放大幾百至千倍進(jìn)行觀(guān)察。一般如果被觀(guān)察物是透明的，或者內部結構不能很好地從顏色上進(jìn)行很好的區分，那么熒光顯微鏡是一個(gè)不錯的選擇，能夠解決普通顯微鏡無(wú)法觀(guān)察透明物質(zhì)的問(wèn)題。
 

　　用于研究應用的全自動(dòng)顯微鏡都是基于一套光學(xué)濾光片而工作：一個(gè)激發(fā)濾光片、一個(gè)分束片和一個(gè)發(fā)射濾光片。這些過(guò)濾片通常是一起插在濾光塊(復合顯微鏡)或在一個(gè)扁平的盛放器(主要是立體顯微鏡)中。激發(fā)濾光片會(huì )選擇波長(cháng)來(lái)激發(fā)標本內一個(gè)特定的染料，發(fā)射濾光片作為一種質(zhì)量控制，只讓特定的熒光團發(fā)射的波長(cháng)通過(guò)。二向分色鏡是用來(lái)反射激發(fā)帶中的光并在發(fā)射帶中傳遞光，從而產(chǎn)生經(jīng)典的熒光入射光。熒光是生物和分析顯微鏡中常用的物理現象之一，主要是因為它具有靈敏度高、特異性強的特點(diǎn)。
 

　　熒光是冷發(fā)光的一種形式。全自動(dòng)顯微鏡甚至允許用戶(hù)決定單個(gè)分子種類(lèi)的分布、數量及其在細胞內的位置?？梢詫?shí)現共區域化和相互作用的研究，離子濃度以及觀(guān)察細胞內間的胞吞和胞吐過(guò)程。借助超分辨率熒光顯微鏡，甚至可以成像亞分辨率結構。